Sesuai dengan UU No 40 Tahun 2004 tentang SJSN, maka Jaminan Kesehatan Nasional dikelola dengan prinsip : 1. Gotong royong. Dengan kewajiban semua peserta membayar iuran maka akan terjadi prinsip gotong royong dimana yang sehat membantu yang sakit, yang kaya membantu yang miskin 2. Nirlaba. Badan Penyelenggara Jaminan Sosial tidak diperbolehkan mencari untung. Dana yang dikumpulkan dari masyarakat adalah dana amanat, sehingga hasil pengembangannya harus dimanfaatkan untuk kepentingan peserta. 3. Keterbukaan, kehati – hatian, akuntabilitas, efisiensi, dan efektivitas. Prinsip manajemen ini mendasari seluruh pengelolaan dana yang berasal dari iuran peserta dan hasil pengembangan 4. Portabilitas. Prinsip ini menjamin bahwa sekalipun peserta berpindah tempat tinggal atau pekerjaan, selama masih di wilayah Negara Republik Indonesia tetap dapat mempergunakan hak sebagai peserta JKN 5. Kepesertaan bersifat wajib. Agar seluruh rakyat menjadi peserta sehingga dapat terlindungi Penerapannya tetap disesuaikan dengan kemampuan ekonomi rakyat dan pemerintah serta kelayakan penyelenggaraan program. 6. Dana Amanat. Dana yang terkumpul dari iuran peserta merupakan dana titipan kepada badan penyelenggara untuk dikelola sebaik – baiknya demi kepentingan peserta. 7. Hasil pengelolaan dana jaminan sosial dipergunakan seluruhnya untuk pengembangan program dan untuk sebesar – besar kepentingan peserta.